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新成果：5小時(shí)可創(chuàng)建脂類(lèi)串聯(lián)質(zhì)譜譜庫(kù)
[導(dǎo)讀] 來(lái)自美國(guó)和日本的科學(xué)家僅僅耗時(shí)五個(gè)小時(shí)就建立了一類(lèi)新發(fā)現(xiàn)的脂質(zhì)的串聯(lián)質(zhì)譜(MS/MS)譜庫(kù)?？茖W(xué)家使用了一款新研發(fā)的軟件縮短了研究時(shí)間，這是一款從化學(xué)結(jié)構(gòu)推測(cè)質(zhì)譜圖的軟件工具。
通過(guò)部分脂類(lèi)成員的化學(xué)結(jié)構(gòu)建立譜庫(kù)
來(lái)自美國(guó)和日本的科學(xué)家僅僅耗時(shí)五個(gè)小時(shí)就建立了一類(lèi)新發(fā)現(xiàn)的脂質(zhì)的串聯(lián)質(zhì)譜(MS/MS)譜庫(kù)。一般而言，建立這樣一個(gè)譜庫(kù)需要更長(zhǎng)的時(shí)間，科學(xué)家使用了一款新研發(fā)的軟件縮短了研究時(shí)間。這是一款從化學(xué)結(jié)構(gòu)推測(cè)質(zhì)譜圖的軟件工具。
該軟件被稱(chēng)為L(zhǎng)ipidBlast，是由Oliver Fiehn和他的同事們?cè)诩又荽髮W(xué)研發(fā)的。Davis去年在《Nature Methods》雜志發(fā)表了一篇論文將此軟件公開(kāi)。LipidBlast創(chuàng)建一個(gè)特定類(lèi)別脂質(zhì)的質(zhì)譜庫(kù)的步驟是：首先，分析這類(lèi)脂質(zhì)中已知成員的化學(xué)結(jié)構(gòu)。然后，使用這些信息來(lái)推測(cè)具有相似結(jié)構(gòu)的此類(lèi)物質(zhì)的其它可能成員。接下來(lái)，此軟件將部分已知成員的化學(xué)結(jié)構(gòu)與之前研究得到的已知成員的串聯(lián)質(zhì)譜數(shù)據(jù)相關(guān)聯(lián)。zui后，它利用這些關(guān)系來(lái)確定含有已推測(cè)成員在內(nèi)的所有其余成員的MS/MS譜圖，包括母離子和子離子。一經(jīng)驗(yàn)證，通過(guò)對(duì)比實(shí)驗(yàn)數(shù)據(jù)和檢索MS/MS譜庫(kù)，得到的譜庫(kù)就可以用于鑒別LC-MS/MS分析的生物樣品中的這些物質(zhì)。
此軟件靈活性很強(qiáng)
由于脂類(lèi)在串聯(lián)質(zhì)譜中容易形成可預(yù)知的碎片，所以尤其適合此軟件電腦譜庫(kù)的創(chuàng)建。而且，LipidBlast非常靈活，足以應(yīng)付推測(cè)正、負(fù)離子下或不同的外加電壓下的MS/MS譜圖。在建立譜庫(kù)時(shí)，這種靈活性使得它能夠利用40種高或低分辨率質(zhì)譜儀的譜圖，包括三重四極桿質(zhì)譜儀和傅里葉變換質(zhì)譜儀。
Fiehn和他的同事利用LipidBlast 建立了一個(gè)基本演示MS/MS譜庫(kù)，包含212,516張譜圖，覆蓋26種脂類(lèi)物質(zhì)的119,200種化合物。這些化合物包括磷脂類(lèi)、甘油脂類(lèi)、細(xì)菌脂聚糖類(lèi)和植物糖脂類(lèi)。他們已經(jīng)使用這個(gè)庫(kù)來(lái)識(shí)別了藻類(lèi)、有鞭毛的原生生物和哺乳動(dòng)物干細(xì)胞中的脂質(zhì)。
能應(yīng)對(duì)低磷水平的脂類(lèi)家族
zui近，F(xiàn)iehn已將注意力轉(zhuǎn)移到了一類(lèi)特殊的脂類(lèi)?葡萄糖醛酸糖脂(glucuronosyldiacylglycerol，GlcADG)。它是近期日本科學(xué)家從植物中發(fā)現(xiàn)的一種脂類(lèi)。由于GlcADG可以代替植物細(xì)胞膜上的磷脂，所以可以幫助植物應(yīng)對(duì)低磷水平。雖然這種脂類(lèi)首先在植物中發(fā)現(xiàn)，但它也可能出現(xiàn)在細(xì)菌、真菌和藻類(lèi)等其他生物中。
為了與zui初發(fā)現(xiàn)這類(lèi)脂質(zhì)的日本科學(xué)家們一起在其它有機(jī)體中尋找這類(lèi)脂質(zhì)，F(xiàn)iehn和他的一位同事使用LipidBlast創(chuàng)建了一個(gè)GlcADG類(lèi)的MS/MS質(zhì)譜庫(kù)。照例，這需要利用日本科學(xué)家先前得到的MS/MS譜圖和植物中GlcADG類(lèi)物質(zhì)的化學(xué)結(jié)構(gòu)，以及相似脂類(lèi)成員的化學(xué)結(jié)構(gòu)。zui終的譜庫(kù)包含15,000 張MS/MS譜圖，建成僅耗時(shí)5小時(shí)。
“這項(xiàng)工作不僅有希望通過(guò)GlcADG來(lái)擴(kuò)展已知有機(jī)體的范圍，而且也從另一個(gè)方面體現(xiàn)了LipidBlast快速創(chuàng)建MS/MS譜庫(kù)的能力"，F(xiàn)iehn說(shuō)。他們還開(kāi)發(fā)了應(yīng)用于新型脂類(lèi)的免費(fèi)模板，用來(lái)鼓勵(lì)其他研究人員使用這款軟件。
編譯：郭浩楠
[來(lái)源：儀器信息網(wǎng)譯]
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